登録までの経緯

平成15年5月 国の「世界自然遺産候補地に関する検討会」で、「知床」「琉球諸島」とともに、ユネスコ世界自然遺産の候補地に選定される。
平成19年1月末 ユネスコの「世界遺産委員会事務局」へ、小笠原諸島の世界自然遺産登録のため、国が将来推薦しようとしている候補地のリストである「暫定リスト」を提出。
平成22年1月 ユネスコの「世界遺産委員会事務局」へ小笠原諸島の遺産としての価値を示した「推薦書」、遺産としての価値を将来にわたり保全していくための計画である「世界遺産候補地小笠原諸島管理計画」を提出。
平成22年7月 ユネスコの諮問機関であるIUCN(国際自然保護連合)による現地調査。外来種対策についての努力と成果や関係機関やNPOとの協力関係が評価された。その後、推薦区域の海域部分の拡張やバッファーゾーンの説明強化について改善が要請される。
平成23年5月7日 IUCN(国際自然保護連合)は小笠原諸島について、「世界自然遺産登録」の勧告という評価結果をユネスコに提出。
平成23年6月24日 第35回世界遺産委員会において
小笠原諸島の世界自然遺産登録決定。